آیت‌الله مجتبی تهرانی، در دوازدهم دی‌ماه ۱۳۹۱، در آستانه اربعین حسینی، دار فانی را وداع گفتند. رهبرانقلاب در پیامی تسلیتی که به شرح ذیل صادر کردند، یاد آن معلم اخلاق را گرامی داشتند:
بسم‌الله‌الرحمن‌الرحیم
با تأسف و تأثر فراوان، خبر درگذشت عالم عامل ربّانی، مرحوم آیت‌الله آقای حاج آقا مجتبی تهرانی رحمةالله‌علیه را دریافت کردم. این حادثه‌ی ناگوار، ضایعه‌ای برای حوزه‌ی علمیه و روحانیت و جامعه‌ی مذهبی تهران و به‌ویژه ارادتمندان و شاگردان ایشان و جوانانی است که از مجالس پرفیض و درس‌های سازنده‌ی این معلم اخلاق بهره می‌بردند. اینجانب تسلیت صمیمانه‌ی خود را به آن بیت شریف و بازماندگان، به‌ویژه اخوی بزرگوار و نیز به همسر مکرّم و آقازادگان ارجمند و دیگر بازماندگان این بیت شریف تقدیم داشته، علوّ درجات آن فقید سعید را از خداوند متعال مسألت می‌نمایم.
سید علی خامنه‌ای
۱۳ دی ماه ۱۳۹۱
